Pondok Pesantren Muhammadiyah Quran School (MQS) Yogyakarta didirikan oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Bantul pada 8 November 2023, hadir sebagai upaya untuk membumikan Alquran di tengah masyarakat melalui pendidikan. Pondok Pesantren MQS Yogyakarta merupakan rebranding dari pesantren tahfidz sebelumnya, yang dikenal dengan nama Sahabat Qur’an yang didirikan oleh alm. Ustadz Ibnu Ibrahim. Sebelum menjadi Pondok Pesantren MQS Yogyakarta, pesantren tahfidz Sahabat Qur’an telah berdiri selama 3,5 tahun. Meskipun tidak secara resmi berafiliasi dengan Persyarikatan Muhammadiyah, pengelola pesantren Sahabat Qur’an terdiri dari para aktivis Muhammadiyah. Memasuki tahun ketiga, muncul gagasan untuk mengajukan afiliasi ke Muhammadiyah demi pengembangan pesantren yang lebih baik dan lebih kokoh secara kelembagaan.
Akhirnya, pada 8 November 2023 secara resmi pesantren tahfidz Sahabat Qur’an berafiliasi ke Muhammadiyah dengan nama baru Muhammadiyah Quran School (MQS) Yogyakarta. Nama dan konsep pendidikan Muhammadiyah Quran School (MQS) dicetuskan oleh Ustadz Fatkhurrokhim, S.Th.I, yang juga menjabat sebagai Mudir Pertama MQS. Beliau bercita-cita agar Pondok Pesantren MQS Yogyakarta berkembang menjadi sekolah Al-Quran unggulan dan menjadi pusat studi Al-Quran terkemuka. Ustadz Fatkhurrokhim berharap bahwa MQS dapat meningkatkan religiusitas generasi muda, terutama dalam kecintaan mereka terhadap Al-Quran.
Dalam pengelolaannya, Pondok Pesantren MQS Yogyakarta berada di bawah naungan Pimpinan Cabang Muhammadiyah (PCM) Kasihan Bantul. Dengan mengusung nama Muhammadiyah Quran School (MQS), pesantren ini berkomitmen untuk mengembangkan pendidikan tahfidz Al-Qur’an yang lebih baik dan berharap nantinya menjadi pesantren unggulan dalam bidang tahfidz al-Qur’an di Persyarikatan Muhammadiyah. Pemberian amanah berupa tanah wakaf seluas 1500 meter oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Bantul di daerah Bangunjiwo Kasihan menjadi modal awal untuk pengembangan pesantren.
Saat ini, kegiatan operasional Pondok Pesantren MQS Yogyakarta berlangsung di dua lokasi. Lokasi putra masih berada di gedung dan tanah sewa di daerah Pucung, Pendowoharjo, Sewon, Bantul. Lokasi ini terdiri dari satu gedung utama dua lantai yang difungsikan sebagai asrama santri dan kantor. Selain itu, tanah sewa dibangun dengan fasilitas semi permanen sederhana, seperti kamar ustadz, aula, mushola, dan ruang kelas. Sementara itu, kegiatan operasional pesantren putri berlokasi di Nitipuran, Kasihan, Bantul, yang berupa rumah pinjaman dari seorang donatur secara gratis untuk kegiatan pesantren.
Saat ini, jumlah santri sebanyak 19 orang, terdiri dari 9 santri putra dan 10 santri putri. Dari keseluruhan santri, 80% merupakan santri yatim dhuafa berprestasi yang digratiskan 100% oleh pesantren, sementara 20% lainnya berbayar. Meskipun Pondok Pesantren MQS Yogyakarta masih tergolong baru dengan segala keterbatasannya, kami memiliki semangat dan komitmen untuk memberikan kesempatan pendidikan yang sama bagi mereka yang membutuhkan, seperti yatim dhuafa. Kami yakin bahwa masih banyak orang baik yang bersedia membantu operasional pendidikan yatim dhuafa. Kami berupaya serius membina dan membimbing para santri generasi awal MQS ini dengan harapan menjadi pondasi yang kokoh untuk perintisan pesantren di masa depan.
Dengan jumlah santri yang terus bertambah, dibutuhkan fasilitas yang representatif dan terpadu. Oleh karena itu, untuk meningkatkan kapasitas dan kualitas layanan, serta menjadikan pesantren sebagai pusat dakwah di wilayah Kasihan Bantul, rencana pembangunan gedung terpadu Pondok Pesantren MQS Yogyakarta di lokasi tanah wakaf telah disusun. Gedung terpadu ini akan menjadi pusat kegiatan pendidikan dan dakwah, meliputi fasilitas seperti masjid, asrama, ruang kelas, quran learning center. Dengan demikian, pengembangan Pondok Pesantren MQS Yogyakarta diharapkan dapat memberikan kontribusi nyata dalam memperkuat hubungan umat dengan al-Qur’an serta meningkatkan kualitas pendidikan keagamaan di wilayah tersebut.