Pondok Pesantren Muhammadiyah Quran School (MQS) Yogyakarta didirikan oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Bantul pada 8 November 2023, hadir sebagai upaya untuk membumikan Alquran di tengah masyarakat melalui pendidikan. Pondok Pesantren MQS Yogyakarta merupakan rebranding dari pesantren tahfidz sebelumnya, yang dikenal dengan nama Sahabat Qur’an yang didirikan oleh alm. Ustadz Ibnu Ibrahim. Sebelum menjadi Pondok Pesantren MQS Yogyakarta, pesantren tahfidz Sahabat Qur’an telah berdiri selama 3,5 tahun. Meskipun tidak secara resmi berafiliasi dengan Persyarikatan Muhammadiyah, pengelola pesantren Sahabat Qur’an terdiri dari para aktivis Muhammadiyah. Memasuki tahun ketiga, muncul gagasan untuk mengajukan afiliasi ke Muhammadiyah demi pengembangan pesantren yang lebih baik dan lebih kokoh secara kelembagaan.
Akhirnya, pada 8 November 2023 secara resmi pesantren tahfidz Sahabat Qur’an berafiliasi ke Muhammadiyah dengan nama baru Muhammadiyah Quran School (MQS) Yogyakarta. Nama dan konsep pendidikan Muhammadiyah Quran School (MQS) dicetuskan oleh Ustadz Fatkhurrokhim, S.Th.I, M.Pd yang juga menjabat sebagai Mudir Pertama MQS. Beliau bercita-cita agar Pondok Pesantren MQS Yogyakarta berkembang menjadi sekolah Al-Quran unggulan dan menjadi pusat studi Al-Quran terkemuka. Ustadz Fatkhurrokhim berharap bahwa MQS dapat meningkatkan religiusitas generasi muda, terutama dalam kecintaan mereka terhadap Al-Quran.
Pondok Pesantren Muhammadiyah Quran School (MQS) Yogyakarta berada di bawah naungan Pimpinan Cabang Muhammadiyah (PCM) Kasihan, Bantul. Sebagai pesantren yang berkomitmen pada pengembangan pendidikan tahfidzul Qur’an, MQS Yogyakarta menargetkan diri menjadi salah satu pesantren unggulan di lingkungan Persyarikatan Muhammadiyah. Modal awal pengembangan pesantren ini adalah amanah tanah wakaf seluas 1.500 meter persegi yang diberikan oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Bantul, berlokasi di Bangunjiwo, Kasihan. Di atas lahan wakaf tersebut, alhamdulillah telah berdiri asrama dan masjid yang kini difungsikan sebagai kompleks asrama putra. Sementara itu, asrama putri berlokasi di Nitipuran, Kasihan, Bantul.
Saat ini, MQS Yogyakarta membina 42 santri, terdiri atas 19 santri putra dan 23 santri putri. Seiring bertambahnya jumlah santri dari tahun ke tahun, kebutuhan akan fasilitas yang representatif dan terpadu menjadi semakin mendesak. Untuk menjawab kebutuhan tersebut, MQS Yogyakarta merancang pembangunan gedung terpadu di atas lahan wakaf yang ada. Gedung ini nantinya akan menjadi pusat pendidikan dan dakwah, dengan fasilitas utama berupa masjid, asrama, ruang kelas, dan Qur’an Learning Center.
Melalui pembangunan gedung terpadu ini, MQS Yogyakarta diharapkan dapat memperluas kapasitas, meningkatkan kualitas layanan pendidikan, serta memperkokoh peran sebagai pusat dakwah di wilayah Kasihan, Bantul. Lebih dari itu, pengembangan pesantren ini diharapkan mampu memberikan kontribusi nyata dalam mempererat hubungan umat dengan Al-Qur’an sekaligus meningkatkan kualitas pendidikan keagamaan di tengah masyarakat.